生物發(fā)酵工程是生物工程的一個重要組成部分。發(fā)酵工程發(fā)源于家庭或作坊式的發(fā)酵制作（農(nóng)產(chǎn)手工加工），后來借鑒于化學(xué)工程實(shí)現(xiàn)了工業(yè)化生產(chǎn)（近代發(fā)酵工程），最后返璞歸真以微生物生命活動為中心研究、設(shè)計(jì)和指導(dǎo)工業(yè)發(fā)酵生產(chǎn)（現(xiàn)代發(fā)酵工程），跨入生物工程的行列。

而微生物發(fā)酵技術(shù)以現(xiàn)代發(fā)酵技術(shù)為核心，利用微生物的代謝活動過程，經(jīng)生物轉(zhuǎn)化而大規(guī)模地制造各種工業(yè)發(fā)酵產(chǎn)品，已經(jīng)形成了一個品種繁多、門類齊全的獨(dú)立工業(yè)體系，在國民經(jīng)濟(jì)中占有重要地位。

微生物發(fā)酵即是指利用微生物，在適宜的條件下，將原料經(jīng)過特定的代謝途徑轉(zhuǎn)化為人類所需要的產(chǎn)物的過程。微生物發(fā)酵生產(chǎn)水平主要取決于菌種本身的遺傳特性和培養(yǎng)條件。發(fā)酵工程的應(yīng)用范圍有：⑴醫(yī)藥工業(yè)，⑵食品工業(yè)，⑶能源工業(yè)，⑷化學(xué)工業(yè)，⑸農(nóng)業(yè)：改造植物基因；生物固氮；工程殺蟲菌生物農(nóng)藥；微生物養(yǎng)料。⑹環(huán)境保護(hù)等方面。